建設單位在與施工總承包單位簽訂合同時，應向施工總承包單位提供工程款支付擔保，具體擔保形式可在合同中約定。建設單位不能及時支付時，依法按照約定的擔保方式進行處置，保障工程款及農民工工資按時足額支付。
合同是結算和工資支付的重要依據和保障。《意見》明確，建設單位與施工總承包單位簽訂的施工合同中，應按照保障農民工工資按時足額支付的需要，明確農民工工資支付要求。堅持農民工先簽訂合同、后進場施工的原則，用工單位與所招用的農民工應當通過合同約定工資支付標準、支付時間、支付方式等。
依據《條例》相關規定，《意見》要求，在加強合同管理的基礎上，施工總承包單位應對農民工信息進行實名登記，匯總、核實農民工個人信息，統一管理所承包工程中的農民工。總承包單位和分包單位應建立農民工用工管理臺賬和工資支付臺賬，保存至工程完工且工資全部結清后至少3年，發生農民工工資支付爭議時，用工單位應當向有關部門提供其依法保存的材料。
《意見》結合行業實際情況，進一步明確了工資保證金制度有關要求，按“無拖欠可減免、有拖欠可提高”原則實行差異化管理，完工后無拖欠應及時退回，既引導企業做好工資支付保障，同時也盡量減輕企業負擔。
《意見》在總結近年來公路水運建設領域保障農民工工資支付工作的基礎上，強調施工總承包單位對分包單位負有管理責任，堅決杜絕以包代管；壓實用工單位對所招用農民工的工資支付所負直接責任。要求做好宣傳引導、農民工培訓和普法教育，提高農民工勞動技能和依法維權的能力；加強組織領導，將工資支付情況作為監督檢查和信用評價的重點內容，注重部門協同，形成工作合力，更加有效地維護農民工合法權益。
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